ユーザープロビジョニングを設定している状態で、設定センター上から直接新規ユーザー登録しても問題ありません。
補足
- 設定センター上で直接新規登録したユーザーのメールアドレスがEntra ID（旧：Azure AD）上に登録されている場合、同一のユーザーとみなします。
そのため、自動プロビジョニング時に、設定センターのアカウントがEntra ID（旧：Azure AD）上の情報で上書きされます。 - 設定センター上で直接新規ユーザー登録をしても、Entra ID（旧：Azure AD）上にユーザーが新規登録されることはありません。
関連：
Entra ID（旧：Azure AD）とのユーザープロビジョニングを設定する（Webブラウザ版）
https://teachme.jp/8/manuals/51093010
メールアドレスを利用してグループにユーザーを招待・追加する（Webブラウザ版）
https://teachme.jp/8/manuals/51092714